《使徒⾏者2 : 諜影⾏動》故事講述⾹港鬧市發⽣嚴重交通意外，刑事情報科(反恐)警司葉國帆(吳鎮宇 飾)和總督察程滔(張家輝 飾)逮獲⼀名女⿊客姚可儀(姜珮瑤飾)。保安部警司井進賢(古天樂 飾) 認為葉和程有可疑，向警務處處長要求禁⽌兩⼈插⼿案件。調查範圍擴展到緬甸和西班牙，井和程在多次合作中產⽣⽭盾，在葉眼裡，兩⼈忠奸難分，處長卻認為葉顛倒⿊⽩，懷疑⼤量⿊警滲入警隊多時，需深入某神秘組織調查事件。可是，警隊內⼈⼈皆有可疑，姚可儀的⼜供亦帶誤導性，警隊⾼層⼀時間迷茫，不曉得誰正誰邪…