《使徒⾏者2 : 谍影⾏动》故事讲述⾹港闹市发⽣严重交通意外，刑事情报科(反恐)警司叶国帆(吴镇宇 饰)和总督察程滔(张家辉 饰)逮获⼀名女⿊客姚可仪(姜珮瑶饰)。保安部警司井进贤(古天乐 饰) 认为叶和程有可疑，向警务处处长要求禁⽌两⼈插⼿案件。调查范围扩展到缅甸和西班牙，井和程在多次合作中产⽣⽭盾，在叶眼里，两⼈忠奸难分，处长却认为叶颠倒⿊⽩，怀疑⼤量⿊警渗入警队多时，需深入某神秘组织调查事件。可是，警队内⼈⼈皆有可疑，姚可仪的⼜供亦带误导性，警队⾼层⼀时间迷茫，不晓得谁正谁邪…