一单化学武器交易，引来恐怖组织瓦干布的觊觎，进而演变为剧院挟持人质事件。正值休假的飞虎队员张嘉轩、高子乐、余晓欣（小鱼）被牵连其中，与O记警探何家宝一起被困现场。飞虎队总指挥范少锋临危受命，在支持组组长Don的协助下，率飞虎队与恐怖分子斗智斗勇。最终里应外合，成功解除危机，除头目Renee外全歼敌人。然而，化学武器卖家身份成迷，恐怖分子仍在暗处蠢蠢欲动，香港面临有史以来最大的安全危机。

 

瓦干布策划下一步行动，访港的反恐专家Andrew成为复仇目标。原来瓦干布是沛国落难皇室，多年来一直密谋复辟。而Andrew正是当年参与推翻沛国政权的策划者之一。Andrew遭瓦干布绑架，飞虎队出动营救人质，却误堕陷阱，死伤惨重，总指挥范少锋当场牺牲，乐的意中人小鱼身受重伤。此役过后，飞虎队元气大伤，前飞虎队成员展博文被指派担任新总指挥。文以破格方式训练队员，重振飞虎士气。

 

国际刑警Mike为追查瓦干布下落，从东京返回香港。锋的葬礼上，Mike、文、Don三个前飞虎队员再次聚首，却勾起难以面对的往事。Mike与文心怀芥蒂，不欢而散。

 

警务处长授意文挑选飞虎及警队各部门精英，组建特别小组S Team. 队员包括Don、轩、乐、宝。S Team首战告捷，成功从瓦干布洗黑钱的金融公司入手，冻结其资金。瓦干布另一首脑Leo现身香港，主动接触裕天药业的董事长杜文彬，要求其交出化学武器DH2，更不惜绑架杜文彬之妹杜以盈作为要胁。

 

S Team立即接手调查，顺藤摸瓜，解救出杜文彬兄妹，更成功逮捕Renee. 瓦干布为营救Renee，做出殊死一搏。文率飞虎及时突破盲点，成功追捕并击毙Leo，Renee当场自杀。在整个追捕行动中，文不满Mike屡次介入，指责Mike在香港越权执法。两人针锋相对，冲突不断。乐也因报仇心切，有违抗命令之举，与文产生争执，最终以乐离职告终。

 

瓦干布被剿灭，但化学武器来源的线索却也随之中断。彬声称对DH2一无所知，但文认为事有蹊跷，下令对彬展开全面调查。轩与儿时好友许森重逢，得知对方回港后入职了彬的公司，森与彬似乎有着神秘关系。

 

乐离开S Team后，机缘巧合成为盈的保镖。乐暗中调查彬，发现他曾有一间秘密研究室，多年前发生意外后关闭，当年的研究主管蔡肇培也从此失踪。S Team深入调查，成功找回失踪多年的培，此时Mike亮出其隶属国际反恐组织的真实身份，要求S Team将培交出，此举令文和Mike二人间隙加深。警务处最终同意将培交给国际反恐组织。然而就在培被转移到安全屋后，发生一宗意外，培成功逃脱。

 

Mike怀疑组织有内鬼，调查时反被嫁祸。文下令拘捕Mike，Mike拒捕逃跑。Don调查发现种种可疑之处，决定秘密帮助Mike查出真相，最终二人发现这一切的幕后黑手，竟是Mike的上司，Mr. T。二人带着真相找上文，文最终相信二人，下令抓捕Mr.T，过程中Mike和文双双遇险，两人终于放下成见，默契合作，逃出生天。

 

随着S Team进一步调查，发现Mr.T和森竟然同属一个神秘组织“Infinity”. 当年培研发化学物抗毒剂，过程中意外研制出DH2，极可能成为威力强大的化学武器。为得到DH2，“Infinity”派森潜入到彬身边，意图取得当年研究资料。

 

与此同时，鹏港特工也找上彬，以其失踪多年的发妻玥作为威胁，要求其研发DH2. 救妻心切的彬在森的帮助下，找到了逃脱的培，说服其重启DH2的研究。

 

S Team查出事件真相，展开多方行动：由Mike和Don负责找到彬的秘密研究室，取回DH2的研究资料；由文和轩带队，阻止彬与鹏港特工的交易。最终在一番激战后，S Team成功完成任务，挫败了“Infinity”的阴谋。

 

轩与宝几番出生入死，感情逐步加深，终定下婚约；盈原谅乐利用自己查案一事，乐也放下了对小鱼的执念，和盈走到一起；Mike终于解开心结，直面对莉（文之妹）的感情；Don与前妻倩找到了更好的相处方式，感情更胜从前；文终于得以休假，决定带身患渐冻症的妻子筠环游世界。

 

然而案情并未结束，失踪的森带着残存的DH2资料，躲到在一个荒芜小岛上重新开始研究，更利用逃犯进行试验。消息传出后，警务处长召集S Team，前往荒岛。已陷入疯狂的森在DH2的基础上研制出一种高浓度毒剂，是为威力更强大的新型化学武器，一旦接触，会令人出现极端的暴力倾向。森为了对付S Team，解放出诸多已丧失理智的凶残逃犯，S Team迎来最后一战……